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蛋白质数据库与结构工具导航（2026 更新）

Q: AlphaFold 预测的结构能直接用吗？

要看 pLDDT 置信度分数：>90 的区域可信度接近实验结构，可用于分析活性位点；70-90 骨架大体正确但侧链需谨慎；50-70 置信度低；<50 通常是天然无序区，不代表真实构象。此外 AlphaFold 预测的是单体静态结构，不反映构象变化、配体结合和复合物界面，做分子对接前务必确认。

Q: PDB 里同一个蛋白有很多条目，选哪个？

四个筛选维度：①分辨率越低越好（一般 <2.5 Å）；②序列覆盖度，尽量选完整长度或包含你关注结构域的；③是否含配体/底物，取决于你要看的是 apo 还是 holo 状态；④发表年份与来源，较新的结构通常质量更高。PDB 页面的 Validation Report 可以快速判断结构质量。

Q: 怎么查一个蛋白在什么组织表达？

人类蛋白查 Human Protein Atlas（有 RNA 和蛋白两个层面的数据，还有免疫组化图片）；RNA 层面也可以用 GTEx。小鼠可查 MGI 和 Mouse ENCODE。注意 RNA 表达高不等于蛋白表达高，两者相关性只有中等水平。

Q: 蛋白分子量和等电点怎么算？

把氨基酸序列（FASTA 格式）粘贴到 ExPASy ProtParam 即可，几秒出结果，包含分子量、理论等电点 pI、消光系数、不稳定指数和 GRAVY 亲水性。注意这是理论值，实际 SDS-PAGE 跑出来的条带位置可能因糖基化、磷酸化等修饰而偏高。

AlphaFold 之后，「查不到结构」几乎不再是借口。本页按「查蛋白信息 → 找已解析结构 → 预测建模 → 可视化出图 → 功能域分析」整理常用工具，全部可在线使用。

收录 12 个工具 · 最后核验 2026-08-06 · 本页为第三方中立信息聚合，排列不分先后，收录不代表推荐

一、这条链路怎么走

查蛋白基本信息

UniProt 是起点：序列、功能注释、修饰位点、亚细胞定位、相关文献一页看全。记住 UniProt 登录号（如 P01308）比基因名更精确。

找实验解析结构

PDB（RCSB）查 X 射线晶体、冷冻电镜结构。注意看分辨率（<2.5 Å 较可靠）和是否为完整长度。

没有实验结构就预测

AlphaFold DB 直接查已预测模型，看 pLDDT 置信度（>90 高可信，<50 基本是无序区）；同源建模可用 SWISS-MODEL。

可视化出图

PyMOL 是发表级图的行业标准，ChimeraX 更现代且免费，在线快速看图可用 Mol* Viewer。

功能域与motif分析

InterPro 整合多个数据库预测结构域，ExPASy ProtParam 算分子量、等电点、消光系数。

二、挑工具时看什么

看清物种：同一个蛋白不同物种序列差异可能很大，UniProt 条目务必确认 Organism
结构质量：实验结构看分辨率与 R-free；预测结构看 pLDDT / PAE，低置信区不要硬解读
是否为片段：很多 PDB 条目只解析了部分结构域，用于建模或对接前先确认覆盖范围
翻译后修饰：UniProt 的 PTM 注释来源有实验证据和预测两类，做实验设计时要区分
License：PyMOL 商业版收费，教育版/开源版 (open-source PyMOL) 可免费使用

访问官网 ↗

以上工具官网链接已于 2026-08-06 核验可达。收录持续扩充中，欢迎通过「关于与收录」页面推荐好用的工具。部分工具需机构订阅或付费，请以官网说明为准。

四、常见问题

AlphaFold 预测的结构能直接用吗？

要看 pLDDT 置信度分数：>90 的区域可信度接近实验结构，可用于分析活性位点；70-90 骨架大体正确但侧链需谨慎；50-70 置信度低；<50 通常是天然无序区，不代表真实构象。此外 AlphaFold 预测的是单体静态结构，不反映构象变化、配体结合和复合物界面，做分子对接前务必确认。

PDB 里同一个蛋白有很多条目，选哪个？

四个筛选维度：①分辨率越低越好（一般 <2.5 Å）；②序列覆盖度，尽量选完整长度或包含你关注结构域的；③是否含配体/底物，取决于你要看的是 apo 还是 holo 状态；④发表年份与来源，较新的结构通常质量更高。PDB 页面的 Validation Report 可以快速判断结构质量。

怎么查一个蛋白在什么组织表达？

人类蛋白查 Human Protein Atlas（有 RNA 和蛋白两个层面的数据，还有免疫组化图片）；RNA 层面也可以用 GTEx。小鼠可查 MGI 和 Mouse ENCODE。注意 RNA 表达高不等于蛋白表达高，两者相关性只有中等水平。

蛋白分子量和等电点怎么算？

把氨基酸序列（FASTA 格式）粘贴到 ExPASy ProtParam 即可，几秒出结果，包含分子量、理论等电点 pI、消光系数、不稳定指数和 GRAVY 亲水性。注意这是理论值，实际 SDS-PAGE 跑出来的条带位置可能因糖基化、磷酸化等修饰而偏高。

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蛋白质数据库与结构工具导航（2026 更新）

一、这条链路怎么走

二、挑工具时看什么

三、收录工具（12 个）

UniProt

RCSB PDB

AlphaFold DB

SWISS-MODEL

PyMOL

UCSF ChimeraX

InterPro

ExPASy ProtParam

STRING

PhosphoSitePlus

Human Protein Atlas

Mol* Viewer

四、常见问题

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